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비영리단체 계산서 발행, 고유번호증만으로 가능할까? 정확한 실무 가이드

by 지원금N잡러 2025. 7. 4.

안녕하세요, 마켓핑크입니다!
혹시 비영리단체를 운영하시면서 “우리 단체도 계산서나 세금계산서를 발행할 수 있을까?” 고민해 본 적 있으신가요? 저도 처음에 이 부분이 참 헷갈렸었는데요. 특히 고유번호증만 갖고 있는 비영리단체라면 더욱더 그 경계가 모호할 수밖에 없어요.

제가 실제로 세무서에 문의하고 여러 사례를 살펴보면서 정확한 정보를 정리해 보았는데요, 많은 분들이 잘못 알고 있는 부분이 많아서 오늘은 ‘비영리단체 계산서 발행’에 대한 오해를 풀고, 실무에서 꼭 알아야 할 내용을 쉽게 설명해 드릴게요.


왜 많은 비영리단체가 계산서 발행 문제로 고민할까?

비영리단체는 기본적으로 ‘수익을 목적으로 하지 않는 단체’를 뜻하는데요. 하지만 운영에 필요한 회비를 받거나, 소규모 사업을 할 때가 있어요. 그럴 때 상대방에서 계산서나 세금계산서를 요구하는 경우가 종종 있죠.

여기서 중요한 점은 ‘계산서 발행’이 단순히 영수증을 넘기는 것과 다르다는 사실입니다. 법적으로 계산서나 세금계산서는 사업자등록을 한 사업자만이 발행할 수 있습니다. 그래서 ‘고유번호증만 가진 비영리단체’는 계산서 발행 권한이 없어요.

이 부분에서 ‘아니, 다른 협회는 전자계산서를 발행한다고 하던데?’라는 이야기도 들리는데, 이것은 대부분 ‘수익사업을 등록해 사업자등록증을 발급받은 경우’입니다.


고유번호증과 사업자등록증, 무엇이 다른 걸까?

비영리단체가 세무서에서 받는 고유번호증은 ‘단체 식별용’에 가깝습니다. 이 번호는 기부금 영수증 발급이나, 원천징수 신고, 단체 운영을 위한 최소한의 세무식별자 역할을 하죠.

하지만 고유번호증만으로는 세금계산서나 계산서 발행이 불가능합니다. 여기서 반드시 필요한 것이 ‘사업자등록증’인데요, 사업자등록증은 ‘부가가치세법’ 상 사업자로 인정받는 증명서입니다. 이 사업자등록증이 있어야만 국세청 전자계산서 시스템에 접속해서 계산서를 발행할 수 있죠.

즉, 수익사업을 하지 않는 순수 비영리단체는 사업자등록이 없기 때문에 계산서 발행 시스템에 접근 자체가 안 됩니다.


계산서 발행 불가, 그럼 회비 납부는 어떻게 증빙할까?

많은 분들이 “계산서를 못 발행한다면 회비 납부를 어떻게 증빙해야 할까요?”라는 질문을 주시는데요, 답은 아주 간단합니다.

회비는 ‘영수증’이나 ‘입금확인증’, 그리고 ‘회비납부 안내문’으로 충분히 증빙할 수 있습니다. 특히 공문이나 회비 청구서 형식으로 발송하면, 상대방도 충분히 이해하는 경우가 많습니다.

만약 지정기부금 단체라면 기부금 영수증 발급으로 소득공제 혜택도 줄 수 있어 회비 납부에 대한 신뢰도도 올라갑니다.



Q1. “비영리단체도 전자계산서 발행이 가능하다고 들었는데, 사실인가요?”

아쉽지만 고유번호증만 있는 비영리단체는 불가능합니다. 계산서와 세금계산서는 전부 사업자등록증이 있어야 발행할 수 있기 때문입니다. 실제로 세무서 상담을 해 보면 “수익사업 개시 신고 후 사업자등록증이 있어야 합니다.”라는 답변을 받게 됩니다.

다만, 수익사업을 신고해 사업자등록증을 받은 비영리법인이나 단체는 일반 과세사업자와 같이 전자계산서 발행이 가능합니다.


Q2. “그럼 수익사업을 하지 않는 비영리단체는 계산서 대신 어떤 서류를 사용해야 하나요?”

계산서 대신에는 회비 납부 안내문, 영수증, 입금확인증 등 회비 수납을 증빙할 수 있는 문서를 사용합니다.
이 문서들은 법적으로도 문제없고 상대 기관과의 거래 증빙으로 충분히 인정됩니다.


Q3. “만약 계산서 발행이 꼭 필요하다면 어떻게 해야 하나요?”

비영리단체가 계산서를 발행하려면 수익사업을 개시하고, 사업자등록을 반드시 해야 합니다.
사업자등록을 하면 부가가치세 신고 의무가 생기고, 세금계산서나 계산서 발행도 가능해지죠.
하지만 세무신고, 회계관리 등 업무 부담이 늘어나는 점은 꼭 고려해야 합니다.


사례를 통해 쉽게 이해해 보자면

제가 아는 한 협회는 처음에 고유번호증만 갖고 있었는데, 여러 협력기관에서 계산서 발행을 요구받아 난감해 했습니다. 이 협회는 수익사업을 하지 않아 사업자등록증이 없었기에 전자계산서 발행 시스템에 아예 접속이 불가능했죠.

결국 이 협회는 ‘회비납부 안내문’과 ‘입금확인증’으로 거래를 증빙했고, 세무서와 상담을 거쳐 회계 처리하는 방법을 안내받아 실무에 적용했습니다.

반면, 다른 협회는 일부 수익사업(예: 강의, 출판)을 개시하고 사업자등록을 하면서 사업자 지위를 얻어 전자계산서를 발행할 수 있었고, 세금 신고 의무도 수행하며 운영하고 있습니다.


결론: 비영리단체의 계산서 발행, 이렇게 이해하면 됩니다

비영리단체라 하더라도 ‘고유번호증’만 가지고 있으면 법적으로 계산서나 세금계산서를 발행할 수 없습니다.
이 점이 많은 분들이 혼란스러워하는 부분인데, 꼭 기억해야 할 핵심입니다.

계산서 발행을 위해서는 수익사업을 신고하고 사업자등록증을 발급받아야 하며, 이 경우 세무 신고 의무도 발생합니다.
순수 비영리단체는 회비 납부 안내문과 입금확인증 등으로 증빙하며 운영하는 것이 가장 현실적이고 법적으로도 안전한 방법입니다.

혹시나 ‘전자계산서 발행 가능하다’는 이야기를 들었다면, 그 단체가 사업자등록증을 발급받아 수익사업을 하는 경우인지 꼭 확인해 보셔야 합니다.


마무리하며

오늘은 ‘비영리단체 계산서 발행’ 문제에 대해 꼭 알아야 할 핵심 포인트를 자세히 정리해 드렸습니다.
복잡한 세무 용어와 절차들이 혼란스러울 수 있는데, 실제로는 ‘사업자등록증이 있느냐 없느냐’가 가장 중요한 기준이라는 사실, 꼭 기억하세요.